公益法人制度改革は、社団法人と財団法人、中間法人を統合し、新しい非営利法人の制度に切り替えるというものです。

　従来の公益法人制度には、許可制と主務官庁制を原因とする官民癒着や補助金の不正使用の問題などがありました。

政府が昨年末にまとめた新非営利法人制度案は、２階建ての仕組みになっているのが特徴で、１階部分は登記だけで自由に設立できる
「一般的な非営利法人」とします。このうち、民間の有識者でつくる委員会により、公益性あり、と認められた法人は、「公益性を有する非営利法人」として、２階部分に上がります。

政府税調はこの案を前提に、「公益性を有する非営利法人」は原則非課税とし、寄付金税制の優遇措置を自動的に適用、この法人に寄附した個人や法人には、所得税や法人税の控除や損金算入を認める方向です。不動産を寄附した場合の相続税や贈与税の非課税化も検討されています。「一般的な非営利法人」は、ほぼ原則課税となります。(会費など共益的な所得は非課税）
　関連税制の整備が年末の２００６年度税制改正の課題となっています。
　NPO法人は、この新しい非営利法人の制度とは別枠とされましたが、いずれは制度を一本化して課税強化されるという懸念も否定できず、今後、少なからずNPO法人にも影響を及ぼすかもしれません。